Die Donau liegt im Spannungsfeld unterschiedlicher Nutzungen. Die Beeinflussung des Sedimenthaushaltes (Rückhalt im Einzugsgebiet, Unterbrechung des Sedimentkontinuums) und die Einengung durch die Regulierung ergeben große Probleme für das Management. In den Stauräumen erfolgt eine Verlandung und in den freien Fließstrecken tritt Sohleintiefung auf (östlich Wien ca.
2 cm/Jahr, kontinuierliche morphologische Veränderungen im Ungarischen Abschnitt). Die Regulierung bedingt einen Mangel an flussmorphologischen Strukturen, was zu einer Verschlechterung des ökologischen Zustandes führt. Für die Schifffahrt gibt es kritische Bereiche (z.B. zu geringe Fahrwassertiefen in Furten). Daraus folgt die Notwendigkeit, Sedimenttransport zu untersuchen. Allerdings besteht derzeit keine Abstimmung der Untersuchungs- und Lösungsansätze zwischen Österreich und Ungarn, sodass unterschiedliche Mess- und ModelIierungssysteme bezüglich Fließgewässermonitoring sowie unzureichende Laborausstattung für wasserbauliche Modellversuche (zu geringer Labordurchfluss) existieren.